§ 2. 物種同一性的證據
既然如此，唯一的問題在於：我們該如何判定構成並決定物種的非物質原則（immaterial principle）是相同還是相異。撇開神聖啟示不談，這可以透過以下方式確定：（1）部分取決於有機結構；（2）部分取決於 φ ύ σις（物理本性）；（3）部分取決於 ψυχ ή（心理本性）；（4）部分取決於恆久性與無限繁殖的能力。
有機結構
物種同一性的第一個證據，應從 σ ῶ μα（身體）或有機結構中尋求。設計的證據印刻在宇宙中所有的有機體上，尤其是在所有動物的軀體上。那些旨在陸地生活的動物、旨在水中生活的動物，以及旨在空中飛翔的動物，其動物軀體皆適應了這些特定的生存模式或條件。此外，這種設計的統一性也有明確的證據，亦即它貫穿於身體組織的所有部分。那些旨在陸地生活的動物，並不具備任何專屬於水生動物的結構、器官或肢體。獅子、老虎、牛、馬等，既沒有魚類的鰓、鱗片、鰭，也沒有舵一般的尾巴。動物的所有部分皆協調一致，它們彼此相關，並適應於同一個目的。魚的身體形狀旨在以最小的阻力劈開水流；它的鰭是槳，尾巴既用於推進也用於導向；它的呼吸系統適合從水中分離出空氣；它的消化器官適合吸收其生存環境所提供的食物。同樣的道理，顯然也適用於所有陸生動物。除了動物在空中、水中和陸地生活的這種普遍適應性外，還有無數更具體的適應性，使各類魚、鳥和陸生動物適合其被設計的特定生活方式。有些動物旨在成為肉食性，它們的身體為了這一目的而和諧地構造；另一些旨在以草本為食，我們在它們身上發現了一切適應此目的的構造。這種適應涉及無數多樣的目的。因此，動物界所劃分的各個門、綱、目、科中的屬與種數量極其龐大，每一種都有其獨特的軀體組織，顯示出它所旨在服務的特定目的。每一種動物物種的構造計畫是如此精細且固定，以至於一位熟練的博物學家，僅憑一塊骨頭的檢查，不僅能判斷出它屬於哪個科或屬，甚至能判斷出它所屬的物種。阿加西（Agassiz）曾僅憑魚的一片鱗片，就精確地描繪出其整個身體，彷彿那隻活生生的動物被拍攝下來一般。而他描繪的正確性，後來也透過發現該物種的完美標本而得到了證實。現在，從這些公認的事實中可以推導出一個重要的原則：任何顏色、形狀、比例、結構等方面的差異，若非顯示出設計意圖，或不能證明決定動物本性的非物質原則有所不同，則本身不能被視為物種差異的證據。義大利靈緹犬（Italian greyhound）與英國獒犬（English mastiff）在上述所有方面皆有差異。設德蘭矮種馬（Shetland pony）、倫敦重型挽馬（London dray-horse），以及阿拉伯馬或巴巴利馬（Barb）也展現出類似顯著的差異。但當進行解剖學檢查時，會發現它們皆是基於同一種計畫而構造的。骨骼結構、神經、肌肉和血管的分佈，皆表達了相同的總體意圖。因此，博物學家將這些變異歸為同一物種。而這一結論的正確性，也得到了物種同一性其他所有標準的證實。雖然承認低等動物的同一物種內確實存在此類變異，但令人驚訝的是，人類家族中遠小於此的同類變異，竟被堅持視為物種差異的證據。野狗無論在何處被發現，其顏色和大小幾乎相同，耳朵、四肢和尾巴的形狀也一致，然而從該原始種群衍生出的永久性變異卻是無窮無盡的。眾所周知，此類變異可以透過人工方式產生。透過熟練的育種，在物種原始概念的限制內，幾乎任何形式、顏色或結構的特徵都可以被產生並延續；正如在英國這樣一個狹小的作業範圍內，所發現的不同品種的馬、牛和羊即可見一斑。因此可以確定，任何非顯示出設計、計畫和意圖差異的外部或物質特徵的差異，都不能適當地被視為物種差異的指標。鳥類腳趾或爪子之間連接的皮膜，本身是一件相對較小的事。與靈緹犬和獒犬之間的差異點相比，它在所消耗的物質量以及對外觀的影響上微不足道，但它卻顯示出設計。它表明該動物旨在水中生活；而其結構和本性中的其他一切，都被發現與該意圖相符。當顯示出設計的微小結構差異足以證明物種差異時，那些並未顯示此類意圖的較大差異，則完全與物種的統一性相容。
生理學論證
判定物種概念所居之非物質原則同一性的第二種方法，是檢查其 φ ύ σις，即生理學。凡與神經支配或神經力量的分佈、血液循環、呼吸、產熱或動物熱的產生、隨意肌與不隨意肌的分佈、消化、吸收、繁殖等過程相關的一切，皆屬於此範疇。關於這一點，必須觀察到：（1）φ ύ σις 或動物本性，總是與 σ ῶ μα 或軀體結構相一致。我們從未發現水生動物的器官卻具備陸生動物的 φ ύ σις。與動物生理學相關的一切，皆與其軀體組織和諧一致。（2）凡在各方面個體或變異的物理本性相同之處，其物種即相同；凡 φ ύ σις 不同之處，其物種即不同。（3）動物的生理學因此與其物質結構一樣容易確定，且同樣均一、固定，事實上甚至更為固定。物質結構可能會——正如我們所見，確實會——在同一物種下的不同變異中產生極大差異，但 φ ύ σις 卻始終如一。靈緹犬的生理學與獒犬的生理學完全相同；設德蘭矮種馬的生理學也與倫敦重型挽馬相同。
心理學論證
物種同一性的第三個標準，應從 ψυχ ή 或動物的心理本性中尋求。ψυχ ή 是屬於所有動物的非物質原則，在每一個不同的物種中，其種類皆相同。它是生命所居之處；是本能的所在地，也是屬於該動物的智力（無論程度高低）之所在地。ψυχ ή 在同一物種的所有個體中皆相同，且是恆久的。蜜蜂、黃蜂、螞蟻和海狸；獅子、老虎、狼、狐狸、馬、狗和牛；以及所有無窮多樣的野獸、鳥類、魚類和昆蟲，其本能和習性在各個時代、世界各地皆相同。這種非物質原則在某些情況下比其他情況更高級，並允許不同程度的培養，正如在受過訓練的象或訓練有素的指示犬身上所見。但最重要的一點是，每個物種都有其自身的 ψυχ ή，這是一個比軀體結構甚至比 φ ύ σις 或動物本性更高級的要素，也是證明同一性更具決定性的證據。當這三個標準一致時，即軀體組織在所有顯示設計的地方皆相同，且 φ ύ σις 與 ψυχ ή（物理與心理本性）皆相同時，毫無疑問，其物種即為相同。
物種的第四個標準，不僅在於其恆久性，還在於其所包含的所有個體和變異所具備的繁衍與無限繁殖的能力。同一物種的動物可以繁衍其後代。不同物種的動物無法結合並延續一個新的或雜交的物種。正如我們所見，這是在除少數個體外，所有類別的博物學家之間公認的事實。這是一個對全人類而言顯而易見，並經由各個時代經驗所證實的事實。